Tvirtovių istorijos centras buvo įsteigtas kaip vienas iš galutinių tarptautinio projekto INTERREG IIIB „Baltic Fort Route“ rezultatų. Projekto pabaigoje buvo įsteigta tarptautinė organizacija „Transnational Documentation and Inventorisation Centre for Fortresses“, turinti tris padalinius: vienas jų, atsakingas už tvirtovių gamtos tyrimus, randasi Berlyne „....“, antrasis įsteigtas prie Kauno technikos universiteto „Tarptautinis tvirtovių architektūros ir restauracijos centras (angl. International Centre of Fortresses Architecture and Restauration), atsakingas už tvirtovių architektūros ir restauravimo darbus ir trečiasis, įsteigtas bendradarbiaujant Vytauto Didžiojo universitetui ir Karo istorijos centrui, atsakingas už tvirtovių istorijos tyrimus.

Vienas svarbiausių Tvirtovių istorijos centro tikslų – kaupti įvairaus pobūdžio informacija apie tvirtoves, ją analizuoti ir paruošti tyrinėtojams bei interesantams. Tarptautinio projekto INTERREG IIIB „Baltic Fort Route“ vykdymo metu buvo sukaupta informacija daugiau nei apie dvidešimt Europos tvirtovių, tarp jų archyviniai dokumentai, istoriniai planai, įvairaus laikotarpio fotografijos, šaltiniai, literatūra ir t.t. Visa ši informacija buvo patalpinta specialiai projekto partneriams sukurtoje internetinėje duomenų saugykloje, kuri šiuo metu prieinama tik atitinkamiems vartotojams. Pasibaigus minėtam projektui, Tvirtovių istorijos centro specialistai, bendradarbiaudami su savo partneriais ir turėdami daugybę kontaktų, toliau kaupia atitinkamą informaciją apie tvirtoves, esančią daugelyje Europos archyvų, o taip pat konsultuoja interesantus įvairiais, su tvirtovėmis susijusiais klausimais, padeda pasiruošti ir įvykdyti įvairius projektus. Siekiant glaudaus tarptautinio bendradarbiavimo, toliau ieškoma geriausių metodų, kaip geriausius mokslo laimėjimus pritaikyti praktikoje.